MethodologieRecherchePublication
Cette page a pour objet de partager les méthodes utilisées pour répondre à la question:
- comment faire une recherche "exhaustive" des articles publiés sur un sujet donné?
Ressources
Comment trouver l'équivalent anglais d'un terme médical en français
- http://www.granddictionnaire.com/ : dictonnaire terminologique, en ligne, accès libre
- www.termiumplus.gc.ca/ Terminum, outil de traduction édité par le gouvernement canadien (payant)
- http://sites.google.com/site/publicationsperinatalite/ glossaire de termes rencontrés lors de traductions de publications
Où rechercher les articles: dans les grandes bases de données
Les recherches se font souvent dans la base de données Medlines, mais on peut s'interroger sur l'utilité des autres bases de données
Medline (via PubMed, GoPubmed)
D'après Wikipédia français:
Medline: base de données de publications médicales (sciences biologiques et biomédicales)
- Gérée par la Bibliothèque nationale de médecine des Etats Unis (US national library of medicine, NLM)
- Accès libre gratuit
- Nombre de journaux indexés environs 5000, sélection sur critères de qualité et de "portée"
- 15 millions d'articles, depuis 1950
PubMed:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
- interface web, qui permet de consulter Medline sur internet
GoPubMed :
- http://www.gopubmed.org/web/
- GoPubMed est un moteur de recherche qui travaille sur les contenus Medline.
- Il permet d'avoir en direct une analyse des résultats de la recherche:
- statistiques sur les mots qui apparaissent les plus souvent (donne une idée des types de sujets traités, c'est une sorte de classement interne des articles),
- liste des domaines scientifiques,
- liste des auteurs,
- liste des revues,
- liste de différentes périodes.
- A chaque fois, on a le nombre d'articles qui correspondent à la revue X, à l'auteur Z ou au mot Y.
- Et on peut directement cliquer sur le terme qui nous paraît le plus utile pour restreindre les résultats à ce qui est le plus pertinent par rapport à ce qu'on cherche."
MeSH, ou les mots clefs de Medline
- Medical subject heading
- Nomenclature des mots-clefs de Medline
Embase
Quelles différences avec Medlines?
- embase.com
- l'accès n'est pas libre
- http://www.bib.umontreal.ca/SA/embasemedline.htm : plus d'articles en pharmacie, plus de journaux européens, ils disent qu'ils ont 2000 périodiques non indexés par Medline. Mais en même temps comme le nombre de périodiques indexés est comparable, cela veut dire que l'inverse est vrai aussi.
Où rechercher encore? Dans la "littérature grise"
- littérature grise = publications non conventionnelles
- SIGLE base de données de "littérature grise" (System for Information on Grey Literature in Europe)
- http://opensigle.inist.fr/
Exemples
Question: comment faites-vous une recherche exhaustive sur intérêt de clamper et/ou couper le cordon ombilical du nouveau-né pour mesure du pH
Une première réponse
(de madeleine)
1) je suis allée sur le dictionnaire terminologique http://www.granddictionnaire.com/btml/fra/R_MotClef/index800_1.asp (qui est un dictionnaire où on trouve les traductions d'expressions spécialisées) pour voir comment se traduit clampage
2) sur GoPubMed http://www.gopubmed.org/ : j'ai fait clamping, 44000 réponses je crois.
3) j'ai rajouté umbilical cord: ça allait mieux (594), mais je tombe assez vite sur des histoires de rats, donc comme la fenêtre à côté me dit que si je sélectionne newborn, infant, j'en n'aurais plus que 294, je dis banco allons-y
4) ensuite, vu que l'interface GoPubMed ne permet pas des recherches très sophistiquées du point de vue du AnD et du OR (du moins je ne l'ai pas vu et pas cherché), et que j'ai vu que dans certains articles il était question de time et dans d'autre de timing, je suis allée sur Medline
5) une fois sur Medline, je traduis ma recherche précédente sous une forme Booléenne et je rajoute l'histoire du temps et du timing (clamping AND umbilical cord) AND (time OR timing) AND (newborn OR infant) j'obtiens 143 articles; et comme tu me dis que tu t'intéresses au pH, je rajoute à la fin AND pH
6) j'obtiens 80 articles, dont 12 reviews (articles de synthèse de la littérature), et 15 articles gratuits: je me rends compte qu'il y a des articles en suédois ou en portugais que je ne comprends pas (c'est mort diraient mes enfants)
7) je vais dans recherche avancée pour choisir soit l'anglais, soit le français, et en combinant avec la recherche précédente, je n'ai plus que 66 articles, dont 10 reviews, et 14 articles gratuits
8) j'imprime ou j'enregistre les articles avec résumés trouvés, et je sélectionne ce qui me paraît pertinent, sachant qu'a priori c'est pas mal quand même de commencer par les reviews pour avoir une vision d'ensemble. (ça, j'ai pas fait)
Après il n'y a "plus qu'à" lire les articles qui paraissent indispensables...
La question de l'exhaustivité est relative: bien sûr qu'il doit y avoir d'autres articles, mais il y a quand même un moment où en recoupant, on a l'impression d'avoir fait le tour.
ça m'a pris jusqu'à l'étape 7 incluse de l'ordre de 20mn peut-être
Un essai pour affiner la terminologie
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov, search: Mesh, umbilical cord. Cela donne: Umbilical cord, et deux autres termes.
- http://www.nlm.nih.gov/mesh/ : rien trouvé qui ait comme préoccupation la coupure du cordon, le pH
- Il n'y a pas de terme qui dise "delayed cord clamping"
Sntre temps, la "veille temps réel" ramène un article qui lie le pH du cordon à des complications ultérieures
Strength of association between umbilical cord pH and perinatal and long term outcomes: systematic review and meta-analysis
- donc cette revue systématique répond à la question: y a-t-il une relation entre ph au cordon et devenir à long terme (de l'enfant)
- implications médico légales, bien sûr
- mais y a-t-il un intérêt pour les nouveaux nés ou leurs parents? Question non évoquée
- reste à savoir, si jamais il y avait un intérêt pour les nouveaux nés, des effets secondaires de la coupure immédiate du cordon
Approche légèrement différente pour recherche sur PubMed ou GoPubMed
- on se rend compte que quelques articles parlent de cellules souches (je crois. "stem")
- bcp parlent de césarienne
- bcp parlent de détection échographique
- bcp parlent exactement de notre question, mais pour les prématuré
Redéfinir le champs de la recherche: pour l'instant, ne pas considérer les prématurés
Mais on découvre une "Cochrane review" assez récente ... ainsi que dans JAMA
- Cochrane: cette revue a cherché les publications disponibles en décembre 2007 (nous sommes en mai 2010)
- 11 études, mais leur liste n'est pas disponible dans le résumé
- répond à : Effect of timing of umbilical cord clamping at birth of term infants on mother and baby outcomes
- JAM
- nov 2006
- 15 essais sélectionnés
- Late vs early clamping of the umbilical cord in full-term neonates: systematic review and meta-analysis of controlled trials.
Il faut donc que je me procure pour consultation le texte intégral de cette revue. Utilisation du "vieux" moyen: email sur les listes d'associations, attente que qqun réponde
Cherche les articles parus après décembre 2007
- dans certains cas, on voudra regarder le détail des publications prises en compte dans la review. Mais là cela ne semble pas utile
- j'utilise GoPubMed
Humans[mesh] “Umbilical Cord”[mesh] “Infant, Newborn”[mesh] 2008[time] -“Cesarean Section”[mesh] -“Fetal Blood”[mesh] “female pregnancy”[go] ou plutôt "Umbilical Cord"[mesh] "Infant, Newborn"[mesh] "Delivery, Obstetric"[mesh] 2007[time] -"Cesarean Section"[mesh] (et idem avec 2008 2009)
cela donne quelques dizaines d'articles par année, mais cela me permet d'en voir que j'avais raté avec les autres recherches
Comment continuer
Revue Cochrane non accessible et non disponible dans mon réseau de connaissance. Je suis coincée
Un autre exemple: femmes non obèses, quelles recommandations de prise de poids, hygiène de vie et alimentaire
GoPubmed/Pubmed
- Je tape des mots clefs (prise de poids, grossesse, femme - pour essayer d'enlever les prises de poids foetal).
- Gopubmed reconnait que certains mots que je saisis font partie de ses mots clefs (MeSH) et traduit automatiquement par: "Weight Gain"[mesh] pregnancy[mesh] Women[mesh] (et même "Weight Gain"[mesh] Pregnancy[mesh] Women[mesh] -Obesity[mesh] "Pregnant Women"[mesh])
- 1900 résultats. Je demande les moins de 5 ans
- 600 résultats
- je tente de rajouter "review" pour avoir juste les revues systématiques
- 22 résultats, je les parcours tous. Bcp parlent de femmes obèses. Quand je trouve un article dans mon thème: je l'ouvre sur pubmed (click sur le PMD, pubmed ID je suppose, ouvrir dans nouvel onglet). Je l'enregistre (avec mon outil Zotero) J'en profite pour me balader dans le volet de droite dans pubmed qui donne des résultats liés (mais attention aux dates)
- dans Gopubmed, j'enlève le mot "review" mais j'ajoute un filtre pour enlever "obésité"
- encore 370+ articles. Je découvre qu'on peut sélectionner juste les "review" dans: Where, all journal; review only. 11 résultats. Toutes celles qui m'intéressent sont déjà repérées
- finalement "Weight Gain"[mesh] Pregnancy[mesh] Women[mesh] -Obesity[mesh] "Pregnant Women"[mesh] last5years[time] donne: 146
- Je les parcours et en repère pas mal
Hors pubmed
- Chez Elsvier Masson (em-consulte) en français: recherche "prise de poids", tri par ordre de date, parcours l'année en cours. Puis "prise de poids" grossesse, et laisse le classement par défaut. J'en repère 2-3
- Dans netvibes.com/afar, je regarde les revues non indexées medlines (dans le tableau excel qui présente la liste des revues)
- je cherche sur: expert-review.org (oui) et sur le collège royale des sages-femmes (rien), et de là dans NICE (national institude for health and clinical excellence). Un peu par hasard (veille sur RSS) je tombe sur : Evidence review en cours d'élaboration, pile dans le thème (weight management in pregnancy). Avec documents de référence : dont une revue de 2009 Weight management in pregnancy: evidence review (ScHARR); C'est royal
- je ne trouve rien d'autre, mais il faut reconnaître que ce n'es tpas facile de chercher dans des revues isolées
Que faire de tout ce que j'ai trouvé
- J'ai référencé toutes les études dans "mon" zotero (un click pour ajouter l'article quand on est sur la page du résumé pubmed)
- Il y a des doublons, très facile à identifier (classer par titre) et à effacer
- cela me fait 64 études. Donc plusieurs revues (Cochrane, NICE).
- avec Zotero, je génère un rapport (click droit sur le folder/collection, générer un rapport à partir de la collection
Modif. May 27, 2010, at 10:33 PM<br />(:addThis username="xa-4b5388e32c732dfe" btn="lg-share":)